Finalmente, la firma en enero de 1903 del Tratado Herrán-Hay entre Estados Unidos y Colombia para finalizar la construcción del canal, el cuál luego no fue ratificado por el senado colombiano por una votación mayoritaria en contra el 12 de agosto de 1903, dio un último ímpetu a los deseos de los separatistas panameños. Debido a cómo ocurrió todo y la velocidad de reacción en el mundo, hay un sector colombiano que considera que existe una "leyenda negra" según la cual, aprovechando la vieja data de separaciones panameñas, esto le proporcionó a Estados Unidos un motivo para apoyar una rebelión panameña.

El 13 de noviembre Estados Unidos reconoce formalmente a la República de Panamá (después de haberla reconocido extraoficialmente del 6 al 7 de noviembre), Francia lo haría al día siguiente y antes de finalizar noviembre, otros quince países de América, Europa y Asia lo harían también. Para el 18 de noviembre de ese mismo año, el secretario de Estado norteamericano, John Hay, firma en unión de Phillips Bunau-Varilla un tratado para la construcción del Canal de Panamá, aunque fue muy controvertido por la celeridad con que fue aprobado y porque Bunau-Varilla se había propuesto a sí mismo como representante del gobierno panameño. El tratado fue ratificado después por la Junta Provisional de Gobierno de Panamá y por el Senado de Estados Unidos.